Joel-Peter Witkin använder sig ofta av modeller med flytande könstillhörighet så som intersexpersoner och transsexuella. Han har även avbildat kortväxta, personer med fysiska funktionsnedsättningar och ibland även avlidna. Witkin har både hyllats och kritiserats för sina fotografier och för att han synliggör dessa människor. Witkins komplexa motiv utgörs ofta av surrealistiska detaljerade porträtt där modellen täcks och omges av dekorativa föremål som blommor, djur, benknotor osv. Verken påminner om äldre måleri eller klassiska religiösa scener. Även titlarna är ofta sammankopplade med äldre konstverk eller religiösa händelser och personer. Joel-Peter Witkin finns representerad i samlingarna hos flera stora internationella institutioner bland annat Museum of Modern Art i New York, the J. Paul Getty Museum i Los Angeles, the National Gallery of Art i Washington D.C., Victoria and Albert Museum i London och Centre Pompidou i Paris samt på Moderna Museet i Stockholm.