Johannes Nyholm väckte stor uppmärksamhet redan med sin första animerade kortfilm ”Dockpojken” som visades i Cannes 2008. År 2011 fick han ett enormt bra mottagande för "Las Palmas" som sågs 19 miljoner gånger på Youtube och vann Guldbagge. "Las Palmas" är en kortfilm där hans då ettåriga dotter Helmi spelade en medelålders solturist som demolerar en hel restaurang där resten av motspelarna utgjordes av marionettdockor.
Filmen var Johannes Nyholms tredje medverkan vid filmfestivalen i Cannes, och har vunnit flera internationella priser.

Johannes Nyholms filmer rör sig i ett gränsland mellan dröm och verklighet. Skuggvärldar med brokiga dockor, figurer och animationer flödar över och tränger sig in i vår vanliga vardag. Hans filmer visas i vitt skilda forum. Det finns ofta en lättillgänglighet som gör att de får stort genomslag publikt, på TV och internet, men andra kvalitéer gör dem intressanta även i snävare sammanhang, på filmfestivaler och i gallerimiljö

Nyholm har även regisserat musikvideos. Hans film "Jätten" hade världspremiär på filmfestivalen i Toronto hösten 2016 och belönades med juryns specialpris vid filmfestivalen i San Sebastian.